جمع و تالیف قرآن به شکل کنونی،در یک زمان صورت نگرفته،بلکه به مرورزمان و به دست افراد و گروه‏های مختلف انجام شده است.ترتیب،نظم و عدد آیات‏در هر سوره در زمان حیات پیامبر اکرم صلی الله علیه و آله و با دستور آن بزرگوار انجام شده وتوقیفی است و باید آن را تعبدا پذیرفت،و به همان ترتیب در هر سوره تلاوت کرد.
هر سوره با فرود آمدن‏«بسم الله الرحمان الرحیم‏»آغاز می‏شد و آیات به ترتیب نزول درآن ثبت می‏گردید،تا موقعی که‏«بسم الله... »دیگری نازل می‏شد و سوره دیگری آغازمی‏گردید.این نظم طبیعی آیات بود.گاهی اتفاق می‏افتاد پیامبر اکرم صلی الله علیه و آله-با اشاره‏جبرئیل-دستور می‏داد تا آیه‏ای بر خلاف نظم طبیعی در سوره دیگری قرارداده شود،مانند آیه «و اتقوا یوما ترجعون فیه الی الله ثم توفی کل نفس ما کسبت و هم لایظلمون‏» (1) -که گفته‏اند از آخرین آیات نازل شده است-پیامبر صلی الله علیه و آله دستور فرمود آن رابین آیات ربا و آیه دین،در سوره بقره آیه 281 ثبت کنند.بنابر این ثبت آیات درسوره‏ها،چه با نظم طبیعی یا نظم دستوری،توقیفی است و با نظارت و دستور خودپیامبر اکرم صلی الله علیه و آله انجام گرفته است و باید از آن پیروی نمود.
ولی درباره نظم و ترتیب سوره‏ها میان اهل نظر اختلاف است.سید مرتضی‏علم الهدی و بسیاری از محققین و از معاصرین آیت الله خویی بر آنند که قرآن‏هم چنان که هست،در زمان حیات پیامبر صلی الله علیه و آله شکل گرفته است.زیرا جماعتی قرآن را در آن عهد حافظ بوده‏اند و بسیار بعید می‏نماید که مساله‏ای با این اهمیت راپیامبر اکرم صلی الله علیه و آله رها کرده باشد تا پس از وی نظم و ترتیب داده شود.
این نظر قابل قبول نیست،زیرا حافظ یا جامع قرآن بودن در آن عهد،دلیل‏نمی‏شود که میان سوره‏ها ترتیبی وجود داشته است.و اگر کسی هر آن چه از قرآن که‏تا آن روز نازل شده،حفظ و ضبط کرده باشد،حافظ و جامع قرآن خواهد بود.
بنابر این لازمه حفظ همه قرآن ترتیب فعلی آن نیست.اما اهمیت این مساله چندان‏روشن نیست،زیرا آن چه مهم است تکمیل سوره‏ها و مستقل بودن هر سوره ازسوره دیگر است تا آیه‏های هر سوره با آیه‏های سوره‏های دیگر اشتباه نشود.این‏مهم در عهد پیامبر صلی الله علیه و آله صورت گرفت.اما ترتیب بین سوره‏ها تا هنگام پایان یافتن‏نزول قرآن امکان نداشت،زیرا پیامبر اکرم صلی الله علیه و آله تا در حال حیات بود هر لحظه‏احتمال نزول سوره‏ها و آیه‏هایی می‏رفت.بنا بر این طبیعی است که پس از یاس ازنزول قرآن،که به پایان یافتن حیات پیامبر وابسته بود،سوره‏های قرآن قابل نظم وترتیب خواهد بود.
بر این اساس،بیش‏تر محققین و تاریخ نویسان بر آنند که جمع و ترتیب سوره‏هاپس از وفات پیامبر صلی الله علیه و آله برای نخستین بار بر دست علی امیر مؤمنان علیه السلام سپس‏زید بن ثابت و دیگر صحابه بزرگوار انجام گرفت.و در مجموع شاید بتوان گفت که‏عمل جمع قرآن به دست صحابه،پس از رحلت پیامبر صلی الله علیه و آله از امور مسلم تاریخ‏است.
علی علیه السلام نخستین کسی بود که پس از وفات پیامبر صلی الله علیه و آله به جمع قرآن مشغول‏گردید.بر حسب روایات،مدت شش ماه در منزل نشست و این کار را به انجام‏رساند.ابن ندیم گوید:«اولین مصحفی که گرد آوری شد مصحف علی بود و این‏مصحف نزد آل جعفر بود».سپس می‏گوید:«مصحفی را دیدم نزد ابو یعلی حمزه‏حسنی که با خط علی بود و چند صفحه از آن افتاده بود و فرزندان حسن بن علی‏آن را به میراث گرفته بودند» (2).محمد بن سیرین از عکرمه نقل می‏کند:«در ابتدای‏خلافت ابو بکر،علی در خانه نشست و قرآن را جمع آوری کرد».گوید:«از عکرمه پرسیدم:آیا ترتیب و نظم آن مانند دیگر مصاحف بود؟آیا رعایت ترتیب نزول درآن شده بود؟گفت:اگر جن و انس گرد آیند و بخواهند مانند علی قرآن را گرد آورند،نخواهند توانست‏».ابن سیرین می‏گوید:«هر چه دنبال کردم تا بر آن مصحف دست‏یابم،میسورم نگردید» (3).ابن جزی کلبی گوید:«اگر مصحف علی یافت می‏شد،هر آینه در آن علم فراوان یافت می‏گردید» (4).

وصیت پیامبر گرامی صلی الله علیه و آله جمع قرآن بود تا مانند تورات یهود در معرض ضایع‏شدن قرار نگیرد (5).علی علیه السلام پس از رحلت پیامبر از وصیت تبعیت کرد و به این مهم‏پرداخت و آن را عرضه داشت،ولی به دلایلی پذیرفته نشد.اما از آن جایی که قرآن‏اولین مرجع تشریع آیین اسلام و زیر بنای ساخت جامعه اسلامی است،ضرورت‏داشت‏خلفای وقت از دیگر کاتبان کلام الهی استفاده کنند تا با جمع قرآن از روی‏قطعات چوب و استخوان و سینه‏های حافظان قرآن،آن را ضبط کنند.و خلا ازدست رفتن هفتاد تن و بنابر قولی چهار صد تن از حافظان قرآن را که در جنگ یمامه‏به شهادت رسیدند،جبران کنند (6).
بنا بر این ابو بکر از زید بن ثابت‏خواست تا قرآن را جمع آوری کند.زید می‏گوید:
«ابو بکر مرا فرا خواند،و پس از مشاوره با عمر-که در آن جا بود-گفت:بسیاری از قاریان و حافظان قرآن در حادثه یمامه کشته شده‏اند و بیم آن می‏رود که در موارددیگر نیز گروهی دیگر کشته شوند و قسمت عمده قرآن را از بین برود.آن گاه‏جمع آوری قرآن را مطرح ساخت.گفتیم:چگونه می‏خواهید کاری کنید که پیامبر صلی الله علیه و آله‏آن را انجام نداد؟گفتند:«این کار ضرورت دارد و باید انجام شود.و آن اندازه سخن‏گفتند و به من اصرار ورزیدند تا آن را پذیرفتم.آن گاه ابو بکر به من گفت:می‏بینم که‏جوان عاقلی هستی و هرگز ما به تو اندیشه ناروا نمی‏داریم.تو کاتب وحی رسول‏خدا بودی،این کار را دنبال کن و به خوبی انجام ده‏».زید می‏گوید: «سنگینی این کارکه بر من تحمیل شده بود از تحمل کوه گران سخت‏تر بود،ولی به ناچار آن را پذیرفتم‏و قرآن را که بر صفحاتی از سنگ و چوب نوشته شده بود،جمع آوری کردم‏» (7).

زید به جمع آوری قرآن مشغول شد و قرآن را از صورت پراکندگی در آورد و دریک جا فراهم کرد.او این کار را با هم کاری گروهی از صحابه انجام داد.نخستین اقدام‏وی آن بود که اعلام کرد:هر کس هر چه از قرآن نزد خود دارد،بیاورد.یعقوبی‏می‏گوید:«وی گروهی مرکب از 25 نفر را تشکیل داد» (8) و خود ریاست آن گروه را برعهده گرفت.این گروه هر روز در مسجد گردهم می‏آمدند و افرادی که آیه یا سوره‏ای‏از قرآن در اختیار داشتند به این گروه مراجعه می‏کردند.این گروه از هیچ کس،هیچ‏چیز را به عنوان قرآن نمی‏پذیرفتند،مگر آن که دو شاهد ارائه دهند که آن چه‏آورده است جزء قرآن است.شاهد اول نسخه خطی،یعنی نوشته‏ای که حکایت ازوحی قرآنی داشته باشد.شاهد دوم شاهد حفظی،یعنی دیگران نیز شهادت دهندکه آن را از زبان پیامبر اکرم صلی الله علیه و آله شنیده‏اند.در این جا دو نکته قابل توجه است:
1- از خزیمة بن ثابت انصاری (9) دو آیه آخر سوره برائت‏بدون شاهد پذیرفته شد، زیرا پیامبر اکرم صلی الله علیه و آله شهادت او را به جای شهادت دو نفر قرار داده بود (10).
2- از عمر بن الخطاب عبارت‏«الشیخ و الشیخة اذا زنیا فارجموهما البتة...»که‏گمان می‏کرد آیه قرآن است،پذیرفته نشد.از وی شاهد خواستند،نتوانست ارائه‏دهد و بر هر کس عرضه کرد انکار نمود که از پیامبر چنین چیزی شنیده باشد.عمر تاآخر عمر بر صحت آن اصرار داشت و هم واره می‏گفت:«اگر مردم نمی‏گفتند عمرچیزی بر قرآن افزود،هر آینه این آیه را در قرآن درج می‏کردم‏».
بدین کیفیت،زید آیه‏ها و سوره‏های قرآن را جمع آوری کرد و آن را از پراکندگی وخطر از بین رفتن نجات داد.هر سوره که کامل می‏شد در صندوق چه مانندی از چرم‏به نام‏«ربعه‏»قرار می‏داد تا آن که سوره‏ها یکی پس از دیگری کامل شد.ولی هیچ گونه‏نظم و ترتیبی بین سوره‏ها به وجود نیاورد (11).این صحیفه‏ها،که سوره‏های قرآنی بر آن‏نگاشته شده بود،پس از اتمام به ابوبکر سپرده شد. این مجموعه پس از ابوبکر به‏عمر انتقال یافت و پس از وفات وی نزد دخترش حفصه نگهداری شد و هنگام‏یک سان کردن مصحف‏ها،عثمان آن را به رعایت گرفت تا نسخه‏های دیگر قرآن را باآن مقابل کند و سپس آن را به حفصه باز گردانید.چون حفصه در گذشت،مروان که‏از جانب معاویه و الی مدینه بود،آن را از ورثه حفصه گرفت و از بین برد (12).